为协会日常工作的执行机构，负责全面落实执行长办公会的决议，各部门在秘书长领导下开展工作。

负责会员的发展、管理与服务工作；发展壮大会员队伍, 加强会员管理，统筹策划和协调为会员服务各项事宜；加强协会分支机构的建设与管理工作；负责同地方信息协会的交流与合作；负责管理并开展协会对外交流与合作； 加强同国际信息中介机构的联系，开展国际交流、培训与合作事务。

负责健康领域业务和健康领域专业管理人才的培训工作。围绕市场需求，组织会员单位和相关企业，开展经常性培训业务，推进信息化人才队伍建设。

负责协会财务管理。制定全年财务预算和决算方案； 认真执行财务规章制度，加强财务指导与监督，在规范运作前提下，为各部门和各分支机构开展业务活动提供高效优质的服务。

贯彻执行领导对于协会宣传的方针、政策与决策；定期对协会工作、动态、国家法律法规进行收集、编撰；负责协会内部期刊的编辑、出版工作；负责协会对外形象宣传、推广、媒体报道及稿件的编辑、审核工作；为协会举行的各类型的公益活动进行前期、中期、后期宣传部署；负责协会与报社、电台、电视台、网络等媒体的对接工作；定期向协会领导汇报工作，领会协会文化走向。。

负责协会各分支（代表）机构的申报、年检、管理和联络工作，负责联席单位的业务指导和联络工作。

承担法律服务职能，紧紧围绕“服务民营企业、维护合法权益、优化法治环境、构建和谐深圳”的宗旨，为企业提供法律咨询和法律培训，开展民营企业的个案维权，帮助企业解决实际问题，充分发挥桥梁、纽带作用，及时就企业维权事宜向有关职能部门反映情况，并提出合理化建议，为民营经济更好更快发展营造良好的法治环境。